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PGHPF MPI 版に関する付記

2004/8/27 HTML 版メモ 牧野

2004/8/26 まで、まだ試用期間の PGI コン パイラを使ってコンパイルしたものであったために MPICH および 複数ノード での PGHPFが動作していませんでした。コンパイルしなおしたので、テストしてみて下 さい。

なお、環境変数に

 MPIROOT /opt/mpich/mpich-1.2.5.2
 MPIBIN /opt/mpich/mpich-1.2.5.2/bin

を設定して、さらにコマンドサーチパスに /opt/mpich/mpich-1.2.5.2/bin を加えて おいたほうが使いやすいと思います。

それから、デフォルトでは使うノードの指定が

 /opt/mpich/mpich-1.2.5.2/util/machines/machines.LINUX

というファイルを見るようになっています。これの現在の中身は

 hanawa0
 hanawa0
 hanawa1
 hanawa1
 hanawa2
 hanawa2
 hanawa3
 hanawa3

となっていて、これは 例えば

 mpirun -np 4

として実行すると、上から4個が使われる、つまり、 hanawa0 に2プロセス、 hanawa1 に2プロセスが割り当てられます。これを変更する場合には、適当な ファイルに上の形式(1行に一つノード名)で名前を並べたものを作って、実行 時に

 mpirun -np 4 -machinefile machines

(上の例では "machines" がファイル名)

でそのファイルからノード名を読むということを指定して下さい。

例えば、 machines の中身が以下のようだったとすると(最初の行はコマンド ラインです):

 <hanawa0:/usr2/makino/src/test>cat machines
 hanawa0
 hanawa1
 hanawa2
 hanawa3

これを指定した場合:

 <hanawa0:/usr2/makino/src/test>mpirun -np 4 -machinefile machines hpftest -pghpf -np 4 -stat cpus
 ...
 FORTRAN STOP

 cpu        real      user       sys     ratio   node
    0*      0.72      0.57      0.05       86%   hanawa0
    1       0.67      0.60      0.07      100%   hanawa1
    2       0.68      0.64      0.04      100%   hanawa2
    3       0.68      0.60      0.06       97%   hanawa3
  min       0.67      0.57      0.04
  avg       0.69      0.60      0.05
  max       0.72      0.64      0.07
 total      0.72      2.41      0.22     3.66x

デフォルトの場合:

 <hanawa0:/usr2/makino/src/test>mpirun -np 4  hpftest -pghpf -np 4 -stat cpus
 ...
 FORTRAN STOP

 cpu        real      user       sys     ratio   node
    0*      0.74      0.54      0.08       84%   hanawa0
    1       0.70      0.56      0.08       92%   hanawa0
    2       0.69      0.65      0.04      100%   hanawa1
    3       0.69      0.62      0.05       97%   hanawa1
  min       0.69      0.54      0.04
  avg       0.70      0.59      0.06
  max       0.74      0.65      0.08
 total      0.74      2.37      0.25     3.56x

というふうになります。この場合にはデフォルトのほうが少し速くなっていま す。

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